1、经营方式不同。店是自己独自运营的店肆，自己进货，自己经营。京东直营店则是京东商城将一部分店肆以出租的形式给第三方经营，叫非自营店。而京东仅仅负责供给一个两边生意的平台，其他的品牌商进来的店肆，叫京东自营店。
产品规范不同，京东自营用京东自己的做招牌，在出售，口碑、服务、价格方面都有优势，可是对库存、出售的要求十分严厉，产品可靠性、配套的售后、物流都有严厉规范。非自营在产品线上灵活性就要更高，能够掩盖全品牌、全类型。在产品的长周期和多元化方面、非自营的优势高于自营。
2、两者扣点不同。第三方店肆京东的扣点不多，也就是说商家的利润多些，随之而来的就是流量也不多。销量不容易上去。
3、利润来历不同。商家把产品供给给京东自营，供货价不高，等于把零售利润出让了一部分给京东。换来的是流量大，能够上他们的各种活动，销量当然也很大。也就是说商家通过供货给京东自营，丢失了一部分利润，换来了产品的高曝光率和销量。
京东自营是什么？
自营店肆是京东权威性比较高的店肆，权重大，流量多，更是现在京东的一个战略方向
1、京东自营 GMV 占比京东商城全体出售额 70%以上
2、每一件自营产品都带有京东(自营)标识，顾客更信任。
3、京东自营产品能够完成 211、限时达、夜间配等高效配送，顾客购物体验更好。
4、自营产品能够参与京东一切资源位的活动，部分需要付费购买。
5、自营产品在平台上出售是品牌推行的一个重要渠道。
6、京东自营供货商只需要负责头程运输费用，节省商家仓储和配送费用。
7、京东自营供货商无技术服务年费
京东自营也就是售后和出售，是专门由京东官方负责的，是一个店家直接到买家的形式，比如说产品的服务写的是由京东发货并且还供给售后服务的话就是归于京东自营，或者是厂商直接送的这类商家也是归于自营。
(自营式电商)通过一定的开展成功塑造了商城的强有力的品质和售货保障形象，加强了电商对产品来历、产品质量、产品供给及物流配送的管控才能，完成了产品的笔直化供给，使终端消费方获得更加优质的产品和服务。
能够掩盖全品牌、全类型，产品多样化可供顾客选择。缺点也明显：林子大了，难免良莠不齐。物流有的用京东，也有的是自己的，也有外包的。售后有的依照厂家规范，有的依照京东规范，点评褒贬不一。
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